由于預制化糞池在規劃、建設、使用和管理等方面存在諸多問題，95%以上的化糞池在運行1-2年后開始嚴重滲漏。由于人們不重視，預制化糞池的滲漏嚴重污染了地下飲用水源和城市地下供水管道，更嚴重的是，建筑物出現了不同程度的傾斜。另外，由于技術含量不足，傳統磚混化糞池處理水質較差，污水排放嚴重超標，大大增加了污水處理廠的運行負荷。在少數沒有市政管網的地區，傳統化糞池處理后的污水直接排入江河湖泊，對周邊江河湖泊水環境造成嚴重破壞。傳統化糞池由于其技術含量低、降解功能差、清洗周期短，如果平時防護不到位，會存在沼氣中毒、爆破等不安全風險。

新鮮的糞便從入口進入上池，池中的糞便開始發酵和分化。由于比重不同，糞液自然可分為三層：上層為糊狀糞皮，底層為塊狀或顆粒狀糞渣，中層為經對比澄清的糞液。在上層和底層，細菌和寄生蟲卵最多的是上層和底層，中層至少含有昆蟲卵。開始發酵的中間層液體通過糞管溢流到第二池，而大部分未充分發酵的糞皮和殘渣則留在上池繼續發酵。流入第二池的糞液進一步發酵分化，卵繼續下沉，病原菌逐漸死亡，糞液進一步無害，糞皮和糞厚較第一池明顯減少。流入第三個池子的糞便通常是腐爛的，在此期間細菌和寄生蟲的卵已經被完全消滅。第三個池子主要用來儲存糞便，基本無害。